Amadéa Biopack V2.5 à EuroBiO 2008
Nouvelle version de la plateforme d'intégration de traitements et de données
pour les professionnels bio-médicaux

7-9 octobre 2008 - Paris - Palais des congrès

A l'occasion du salon EuroBiO 2008, ISoft présente la nouvelle version d'Amadea Biopack, environnement graphique permettant, sans programmation et de manière interactive, de créer des pipelines intégrés d'analyse des données bio-médicales.
Disponible en environnement 32 ou 64 bits, et intégrant de manière transparente la plupart des sources de données biologiques, Amadea Biopack est un formidable stimulateur et vérificateur d'hypothèses, qui permet de se focaliser sur les "vrais problèmes" biologiques, en évitant les multiples passages par différents langages de programmation. Un professionnel bio-médical peut ainsi explorer en temps réel ses résultats biologiques et les mettre facilement en relation avec les données de références de la communauté bio-informatique.

La nouvelle version d'Amadea Biopack intègre des mécanismes de croisement des données volumineuses beaucoup plus puissants, la généralisation des sources de données à la plupart des espèces biologiques, et une documentation anglaise complète.

Ce qu'apporte Amadea Biopack

La mesure simultanée, à partir d’un même échantillon, de milliers de paramètres biologiques sur les altérations de l’ADN (génome) et le niveau d’expression des différents gènes (transcriptome) et des protéines est maintenant possible. Ces progrès technologiques font que les données et outils de la communauté bio-informatique sont hétérogènes, complexes et en constante évolution.

Le développement et l’optimisation des expérimentations faites au sein d’un laboratoire en biologie nécessitent une solution flexible pour répondre aux besoins :
v      d’hétérogénéité des données,
v      de croisement de données provenant des bases externes publiques répandues (EMBL, Gene Ontology, SwissProt, PubMed…) et des données privées,
v      d’accès au processus d’analyse par les biologistes,
v      de traçabilité complète des processus de traitement de données et d’analyse,
v      de diffusion facile des expérimentations et de mise à disposition des résultats.

Basée sur des technologies innovantes telles que le Data-Morphing et une gestion spécifique des données, Amadea BioPack répond à ces besoins et offre aux biologistes et aux médecins un environnement homogène facile à utiliser ainsi qu’un accès immédiat aux bases de données publiques mondiales et aux données biologiques. Amadea BioPack apporte une réponse aux domaines de la recherche biologique concernés par ces difficultés. Par exemple, la lutte contre le cancer profite favorablement d’une évolution rapide des techniques d’analyse tumorale. Amadea BioPack est utilisé par plusieurs laboratoires pour répondre aux problèmes d’intégration des données biologiques et anatomocliniques d’une tumeur voire d’un groupe de tumeurs à analyser. 

L'accès aux données

Amadea BioPack offre une connexion directe et sans programmation aux données, distantes ou locales : bases de données de référence de la communauté biologique, et données locales du laboratoire. Ces données peuvent contenir des informations sur les gènes, les chromosomes, les séquences, les patients ou tout autre type d’informations en provenance de la recherche clinique, des analyses de puces (CGH, Affymetrix…), des banques externes de données de la communauté biologique (EMBL, Gene Ontology, Refseq, Pubmed,…).

Croisement des données

En fournissant une boîte à outils générique et sans programmation pour enrichir les traitements biologiques, Amadea BioPack réduit considérablement le temps nécessaire pour intégrer de nouvelles sources de données et de traitements externes.

A toutes les étapes de l’analyse, des informations extérieures peuvent être croisées en temps réel et de manière transparente aux données locales du laboratoire grâce à des opérateurs prédéfinis. Par exemple, il est possible de croiser entre elles des informations concernant les séquences, les gènes,  les ESTs, les protéines, les maladies, les fonctions métaboliques, composants cellulaires, processus biologiques, les publications, etc. pour enrichir des données expérimentales et mettre en évidence de nouvelles informations.

Intégration de traitements

Fig.1: Analyse de classe – Analyse via l’interface Web des termes de Gene Ontology les plus différenciés entre deux groupes d’expériences de transcriptome.

Amadea BioPack supporte, sans programmation et de manière interactive, une méthodologie d’expérimentation guidée par les données. Les utilisateurs disposent de : ·         Blocs fonctionnels paramétrables pour effectuer des traitements spécifiques tels que normalisation et filtrage de données issues de biopuces. Possibilité d’analyse conjointe de puces issues de technologies différentes et enrichissement des résultats par des informations extérieures. Capacité d’intégration de traitements externes tels que scripts, algorithmes ou outils pour une utilisation optimale de l’existant au sein d’une unique plate-forme applicative pour garantir une traçabilité optimale. Diffusion des résultats et génération immédiate d’interface web pour piloter les analyses.

Performances

Amadea BioPack permet de gagner énormément de temps dans la phase de développement d’une analyse. On observe typiquement des réductions importantes (facteur 5 à 30) du temps de réalisation d’une transformation par rapport à des langages de programmation classiques (SQL, PERL ou autres).

Reposant sur le Data Morphing, une technologie développée par ISoft, Amadea BioPack a été conçue pour traiter de très gros volumes de données (centaines de millions de lignes) très rapidement. Elle propose son propre mécanisme de gestion de la mémoire cache qui permet d’optimiser l’utilisation de la mémoire de la machine en fonction des ressources disponibles. Le logiciel s’adapte facilement aux ressources disponibles, offrant ainsi une solution évolutive et simple.

Par exemple, retrouver toutes les ESTs dont les extrémités 3’ et 5’ sont présentes ensemble dans les banques de données disponibles pour obtenir les 500 000 séquences d’intérêt à-partir des 5 000 000 d’entrées de l’EMBL s’exprime en 5 opérateurs, ne requiert que quelques minutes de développement et ne nécessite que 5 minutes de traitement sur un PC.